برنامه عملیاتی به‌عنوان یکی از مهم‌ترین ابزارهای راهبردی در حوزه برنامه‌ریزی و ارزیابی عملکرد دانشگاه‌های علوم پزشکی، نقشی محوری در سنجش میزان تحقق مأموریت‌های نظام سلامت ایفا می‌کند. نتایج حاصل از این ارزیابی، از شاخص‌های کلیدی در فرآیند تخصیص منابع، اعتبارات و فرصت‌های توسعه‌ای به دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور محسوب می‌شود.

در سال ۱۴۰۴، تعداد ۱۱۹۵ فعالیت ابلاغی در چارچوب این برنامه، در سراسر دانشگاه اجرا و به‌طور مستمر پایش شد. در نهایت، با هم‌افزایی کلیه واحدهای دانشگاهی و راهبری هدفمند مدیریت توسعه سازمان و تحول اداری دانشگاه، ضریب انطباق ۹۹.۱۳ درصدی محقق گردید که نشان‌دهنده عزم راسخ مجموعه دانشگاه در دستیابی به بالاترین استانداردهای عملکردی است.